Sân bay được thực dân Pháp xây dựng từ những năm 50 thế kỉ trước khi trở lại chiếm đóng Nam Bộ. Chức năng chính của sân bay lúc bấy giờ là đảm bảo liên lạc hành chính giữa Sài Gòn và miền Tây Nam bộ.

Đầu năm 1960, Mỹ tiếp tục hoàn chỉnh xây dựng Cảng hàng không Rạch Giá thành một trong những căn cứ của Hàng không dân dụng, sử dụng chính cho mục đích quân sự với tổng diện tích là 489.200m2, đường hạ cất cánh dài 1170m x 30m, đường lăn vuông góc với đường hạ cất cánh dài 85m x 15m, sân đậu rộng 5.500m2, nhà ga có diện tích 60m2.

Thời gian đầu sau giải phóng, Cảng hàng không phục vụ chủ yếu cho hoạt động về nông nghiệp, vận chuyển cho các nông trường Mỹ Lâm; Bình Sơn 1, 2, 3 vận chuyển bởi các loại máy bay như DC3, AN2, LI 14. Năm 1979, diện tích Cảng hàng không được mở rộng thành 32.875m2.

Ngày 10/5/2021, sân bay phối hợp với Trung tâm kiểm soát bệnh tật tỉnh Kiên Giang và các đơn vị liên quan tổ chức tiêm vắc xin phòng Covid-19 cho toàn thể cán bộ, nhân viên và các đơn vị đang hoạt động tại Cảng.[3]